- a -

• addCaps() : VMDextensions.tcl
• addCaps2() : VMDextensions.tcl
• appendFrames() : VMDextensions.tcl
• arrayIndices() : VMDextensions.tcl
• asel() : VMDextensions.tcl
• asel_free() : VMDextensions.tcl
• atomDistanceMatrix() : VMDextensions.tcl
• atomselectRefine() : VMDextensions.tcl

- b -

• boundingBoxCenter() : VMDextensions.tcl

- d -

• distanceProfile() : VMDextensions.tcl
• distanceProfileFull() : VMDextensions.tcl
• dumpRepresentations() : VMDextensions.tcl

- f -

• firstContactTimeMatrix() : VMDextensions.tcl
• forFiles() : VMDextensions.tcl
• forFrames() : VMDextensions.tcl
• forFramesMeasure() : VMDextensions.tcl

- g -

• getFasta() : VMDextensions.tcl

- h -

• helicity() : VMDextensions.tcl
• helicity_3() : VMDextensions.tcl

- i -

• identifyFrame() : VMDextensions.tcl

- l -

• labelAtoms() : VMDextensions.tcl
• loadFrames() : VMDextensions.tcl
• lseq() : VMDextensions.tcl

- m -

• measureNativeContacts() : VMDextensions.tcl
• minDist() : VMDextensions.tcl
• moveSelTo() : VMDextensions.tcl

- p -

• prepareNativeContacts() : VMDextensions.tcl
• printArray() : VMDextensions.tcl
• printTable() : VMDextensions.tcl

- q -

• qhist() : VMDextensions.tcl
• qplot() : VMDextensions.tcl

- r -

• readXYZUser() : VMDextensions.tcl
• renumber() : VMDextensions.tcl
• renumber_from_1() : VMDextensions.tcl
• reshapeArrayToLong() : VMDextensions.tcl
• reshapeArrayToWide() : VMDextensions.tcl
• reshapeLongToArray() : VMDextensions.tcl
• reshapeLongToWide() : VMDextensions.tcl
• residueContactPairs() : VMDextensions.tcl
• residueContacts() : VMDextensions.tcl
• residueDistanceMatrix() : VMDextensions.tcl
• residueDistanceMatrixApprox() : VMDextensions.tcl
• rmsdOf() : VMDextensions.tcl
• rmsfTrajectory() : VMDextensions.tcl
• rmsfTrajectoryColor() : VMDextensions.tcl

- s -

• saveFullState() : VMDextensions.tcl
• setBondsFromTpr() : VMDextensions.tcl
• ssel() : VMDextensions.tcl
• swap() : VMDextensions.tcl

- t -

• transinertia() : VMDextensions.tcl
• transpose() : VMDextensions.tcl

- v -

• vecangle() : VMDextensions.tcl
• veccenter() : VMDextensions.tcl

- w -

• writeNullVelFile() : VMDextensions.tcl
• writePDBTER() : VMDextensions.tcl
• writePlumed() : VMDextensions.tcl
• writePlumedRef() : VMDextensions.tcl
• writePQR() : VMDextensions.tcl